相关动态
用R进行gwas meta分析,原来如此简单
2024-11-10 18:12

欢迎关注”生信修炼手册”!

用R进行gwas me<em></em>ta分析,原来如此简单

在生物信息数据分析中,R语言是必备技能,简洁的语法,丰富的生态,美观的可视化,种种优势使得其成为该领域中使用最广泛的编程语言之一。用R进行meta分析当然也是可以的,本文要介绍的R包, 就是其中之一,可以用于gwas meta分析,支持随机效应模型和固定效应模型,官方文档如下

https://cran.r-project.org/web/packages/rmeta/rmeta.pdf

作为CRAN的一员,其安装方式如下

install.packages(“rmeta”)

首先来看下其输入文件格式,其输入文件并不是常规的GWAS分析结果, 比如, 等统计指标,而是原始的频数分布,而且是二分类数据,比如两种Allele的频数分布,对于每个study, 统计如下所示的表格数据

Allele A a Case a b Control c d

也就是说,对于每个study,我们需要有4个数值。软件内置的示例数据如下

这个数据列数很多,真正进行分析时,只需要其中的前4列数据。在该R包中,两种模型对应的函数如下

以固定效应模型为例,进行meta分析的代码如下

从代码可以看出,分析时只使用了前4列,对应每个study的2X2表格数据,因为部分study中有缺失值, 有缺失值的数据是没法分析的,所以通过函数选取了其中的部分行。

该R包最大的特点是其可视化功能,对于meta分析的结果,提供了以下两种可视化的函数

1. metaplot

该函数用于展示每个study的名称和对应OR值的分布,以及meta分析后最终计算出的OR值,用法如下

输出结果如下

2. forestplot

该函数用于自定义的展示很多额外的文字信息,用法如下

输出结果如下

通过可以方便个性化的绘制森林图,更多用法请参考官方的帮助文档。

·end·

—如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—

往期精彩

  • 自己动手进行逻辑回归,你也可以!

  • odd ratio置信区间的计算,你学会了吗?

  • 多元回归分析存在多重共线性了怎么办?

  • 基因型与表型的交互作用如何分析,多元回归来搞定

  • 曼哈顿图就够了吗?你还需要LocusZoom

  • GWAS做完了,下一步做什么?

  • 逻辑回归or线性回归,傻傻分不清楚

  • 没想到你是这个样子的置信区间

  • 线性回归的这些细节,你都搞明白了吗?

  • 3分钟掌握曼哈顿图的绘制

  • 一文搞懂Q-Q plot图的含义

  • Cochran-Mantel-Haenszel检验在关联分析中的应用

  • plink中case/control关联分析细节解析

  • odd ratio值在关联分析中的含义

  • Cochran-Armitage趋势检验在关联分析中的应用

  基因型填充

  • GWAS中的genotype imputation简介

  • 基因型填充中的phasing究竟是什么

  • 基因型填充前的质控条件简介

  • 使用shapeit进行单倍型分析

  • gtool:操作genotype data的利器

  • 使用IMPUTE2进行基因型填充

  • 使用Beagle进行基因型填充

  • 使用Minimac进行基因型填充

  • 使用Eagle2进行单倍型分析

  • X染色体的基因型填充

  • 文献解读|不同基因型填充软件性能的比较

  • Haplotype Reference Consortium:最大规模的单倍型数据库

  • Michigan Imputation Server:基因型填充的在线工具

  CNV分析

最新文章
掌握百度收录规则:优质内容与创新性助力网站成功收录
百度收录有其特定的规则,这对网站制作人员和内容制作者来说极为关键。掌握这些规则,能让更多人的目光落在自己的网页或文章上。
搜狐简单AI:开启AI绘画和文生图的新时代,提升创作效率
在一个充满竞争的数字时代,许多创作者深感压力,尤其是那些需要频繁生产高质量内容的个体。在这样的背景下,AI技术的崛起为创造
AI大模型与网球运动结合的应用场景及案例分析
        AI大模型与网球运动结合的未来前景是广阔的,它不仅能够提升运动员的训练和比赛表现,还能改善教练
最值得一看的精品网站之一,你绝不能错过!
在现代网络文学的浪潮中,精品小说层出不穷,吸引了无数读者的目光。推荐几部不可错过的网络佳作:首先是《全职高手》,讲述了电
郑州SEO优化攻略,揭秘助力企业网络飞跃的策略精髓
郑州SEO网络优化推广,为企业提供专业网络策略,提升网站排名,增强品牌曝光度。通过精准关键词、高质量内容、优化用户体验,助
揭秘网站刷关键词排名软件,效果与风险并存
随着互联网的飞速发展,网络营销已经成为企业推广产品和服务的重要手段,在众多网络营销策略中,提高网站在搜索引擎中的关键词排
科大讯飞AI智能写作:全方位助力文案创作与优化,解决多种写作需求
在数字化浪潮的推动下智能写作成为了提升工作效率、优化内容品质的关键工具。科大讯飞智能写作以其强大的语言解决能力和丰富的创
支付宝小程序搜索排名优化,算法规则基础了解
小程序市场可谓是百花齐放,争奇斗艳。小程序搜索排名优化则为小程序获利提供了强大的支持。做优化首先要知道平台的规则&#
解析国内AI写作平台:创新背后的挑战与突破
一、国内 AI 写作平台兴起近年来,随着人工智能技术的飞速发展,国内 AI 写作平台如雨后春笋般涌现。这些平台利用深度学习、自然
解析百度的绿萝算法怎样识别买卖链接
  作为站长,大家都知道,百度于2013年2月20日推出了最新的搜索引擎算法,起名叫绿萝,公告称这个新算法主要是打击买卖链接的
相关文章